Es wird angenommen, dass die Gründung Bischofswerdas bereits zwischen 1000 und 1100 erfolgte, noch vor der Welle der Kolonisation. Der Bischof Benno von Meißen soll den Flecken Werda 1076 zur Stadt erhoben und einen Kirchenbau veranlasst haben, welches nicht zu beweisen ist. Im Jahr 1227 wird Bischofswerda zum ersten Mal urkundlich erwähnt. 1229 wurde bereits eine Pfarrkirche genannt. In dieser Zeit entstand auch der Marktplatz. 1286 erfolgt der Bau des Stadtturms (Fronfeste) der Ringmauer und das ersten Rathaus. Zwei Jahre später erhielt Bischofswerda seine erste Stadtmauer, welcher erst 1361 in einer Urkunde als civitas bezeichnet wurde.
Nach der Verleihung des Marktrechtes 1406 entwickelte sich die Stadt von einem Handwerker- und Handelsstädtchen zu einem Markt- und Wallfahrtsort. So besaß die damalige Hauptkirche neun Altäre. 1429 brannten die Hussiten nach der Eroberung die Stadt nieder. 1469 ereignete sich der zweite Stadtbrand. An der Wesenitz wurden mehrere Mühlen errichtet.
1596 brannte die Stadt erneut nieder. Im 16. Jahrhundert trat fünfmal die Pest auf. 1631 und 1632 forderte sie 660 Menschenleben. Die größte Katastrophe ereilte Bischofswerda am 12. Mai 1813 als nach dem Gefecht von Schmiedefeld die Franzosen die Stadt besetzten und nach Plünderungen die gesamte Stadt innerhalb der Stadtmauer, außer 3 Gebäuden, abbrannten.
Die geschlossene Innenstadtbebauung nach 1813 ist fast vollständig erhalten. Mit dem Bau der Eisenbahnlinie Dresden-Görlitz und der Inbetriebnahme des Bahnhofes Bischofswerda 1845 wurden in der Folge Handwerksbetriebe modernisiert und neue Fabriken entstanden, wie die Tuchfabrik, Zigarrenfabrik, Glasfabrik, Gerbereien, Riemenfabrik, Armaturenfabrik, Landmaschinenfabrik, Möbelfabrik. Die Bevölkerung wuchs auf ca. 13.000 Einwohner an.
Von 1952 bis 1994 war Bischofswerda Kreisstadt des Kreises Bischofswerda.
