Die Gründung der Stadt Tábor geht auf die Hussitenbewegung zurück. Im Frühjahr 1420 zogen Anhänger des tschechischen Reformators Jan Hus auf einen nahegelegenen Berg mit der Burg Kotnov. Sie nannten die neue Siedlung nach dem biblischen Berg Tabor. In der Stadt blieb eine relativ radikale Gruppe der Hussiten aktiv, die Taboriten. 1437 wurde Tábor zu einer freien Königstadt. 1452, als sie von Georg von Podibrad in Besitz genommen wurde, setzten sich die gemäßigten Kalixtiner durch. Die Stadt entwickelte sich zu einer Handels- und Handwerkerstadt am Handelsweg von Prag über Budweis nach Linz.
Nach der Niederlage der böhmischen Stände 1620 wurden bei der Rekatholisierung die Bewohner in Massentaufen dem römisch-katholischen Glauben zurückgeführt oder sie mussten ohne ihr Eigentum die Stadt verlassen. In der Nähe von Tábor entstand die Wallfahrtskirche Klokot.
Seit Beginn des 19. Jh. war die südböhmische Stadt ein bedeutsames Zentrum der Nationalen Wiedergeburt der Tschechen.
Bedřich Smetana widmete in seinen Zyklus „Mein Vaterland“ der Stadt Tábor eine sinfonischen Dichtung.
