Um 1268 erwarb der König Ottokar II. Přemysl den Distrikt. In der Vorburg wurde ein Jahr nach der Fertigstellung der Befestigung ein Franziskanerkonvent gegründet. Die Stadt wechselte mit der Burg öfters den Besitzer. Der Königliche Kämmerer und Landeshauptmann von Breslau, Heinrich von Lazan, verlor 1422 und 1428 die Herrschaft über die Stadt und Burg, als Bechyně von den Taboriten zerstört wurde.
Erst 1434 erlangten die Bechinie von Lazan wieder in den Besitz der Herrschaft Bechyně. Johann Bechinie von Lazan gab im Jahre 1444 der Stadt Bechyně die Stadtrechte zurück. Die Herren von Sternberg als folgende Besitzer ließen das zerstörte Kloster wieder aufbauten.
Von wirtschaftlicher Bedeutung waren im 19. Jahrhundert neben der Landwirtschaft die Herstellung von Keramik sowie eine Brauerei. In Bechyně besteht die älteste keramische Fachschule Tschechiens. Durch die kohlensäurehaltigen Quellen erlangte Bechyně auch eine Bedeutung als Heilbad.
Im Jahr 1903 entstand die erste elektrische Bahnlinie zwischen Bechyně und Tabor.
