1525 wurden große Teile im Bauernkrieg zerstört und anschließend wieder aufgebaut. Die Reformation wurde 1530 in der Herrschaft eingeführt. Die Oberlehns- und Landesherrschaft der Welfen schützten die Herrschaft Bodenstein vor der Gegenreformation. Nach dem Dreißigjährigen Krieg wurde die Stellung der Herren von Wintzingerode weiter gestärkt und die evangelische Konfession erhalten. Bis 1803 verfügten Sie als einzige nichtfürstliche Familie über sämtliche landesherrlichn Rechte.
1794 heiratete die Landgrafenwitwe Philippine von Hessen-Kassel, die Nichte Friedrich II., den Besitzer von Bodenstein, Georg Ernst Levine von Winzingerode, nachdem sie für seine Erhebung zum Reichsgrafen gesorgt hatte. Der Reichsgraf wurde der Erste Staatsminister des Königs Friedrich I. von Württemberg und später war er in Diensten von Jerome Bonaparte. Als Philippine 1800 starb, erbte der Graf von Wintzingerode ein Fünftel des Allodialbesit-zes ihrer Familie, der Markgrafen von Brandenburg-Schwedt und auch Teile vom Nach-lass von Friedrich II.
1803 erfolgte die Eingliederung der Herrschaft in das Königreich Preußen.
Die Herrschaft Bodenstein war von 1807 bis 1813 Teil des Königreich Westphalen um endgültig 1815 zu Preußen zu kommen.