Die durch Thomas Münzer und Johann Sebastian Bach bekannt gewordene Stadt Mühlhausen ist der Startort der 2. Etappe. Sie wurde 967 erstmals als Königspfalz erwähnt und kam durch die Tuchweberei, den Waidanbau und den Fernhandel zu Wohlstand.
Besonders auffallends sind im Stadtzentrum die Marienkirche, zweitgrößte Kirche von Thüringen, und die gotische Hallenkirche Divi Blasii, in welcher Johann Sebastian Bach um 1707 als Organist tätig war.
Lohnenswert sind der Aufenthalt auf der begehbaren Stadtmauer und der Aufstieg auf den hoch aufragenden Rabenturm mit Blick auf die Fachwerkgassen und den weitere 9 Kirchen.
Nach der Stadtbesichtigung geht es auf dem Unstrut-Radweg weiter an Görmar und Weinbergen vorbei bis er dann über den Unstrut-Damm weiterführt und in das Thüringer Becken eintritt. Alle Wasserläufe streben der Unstrut zu.
Nach der Stadtbesichtigung wird der nächste Höhepunkt der Radtour erreicht, das Naturschutzgebiet Grabsche Berge. Es ist ein etwa 57 ha großes Naturparadies, das seit 1996 als Schutzgebiet ausgewiesen wurde und gehört zum NATURA2000-Gebiet.
Interessant ist auch die Staatliche Vogelschutzwarte Seebach, die sich in der ehemaligen Wasserburg (um 1300 erbaut) befindet. Sie gehört zu den ältesten Einrichtungen ihrer Art in Deutschland. Gern wird die historische Vogelausstellung mit ihren interessanten Exponaten besucht.
Die Gemeinde Altengottern, die erstmals im Jahr 997 urkundlich erwähnt wurde, ist das nächste Ziel vom Unstrut-Radweg. Zu sehen ist das frühere Rittergut Schloss Altengottern aus dem 12. Jh., das unter Denkmalschutz steht und heute als als Kinder- und Jugendheim dient.
Begleitet von Feldern erreicht der Fluss mit der Kur- und Rosenstadt Bad Langensalza den zweiten Höhepunkt der Etappe.
