Die Kornmarktkirche ist eine der zwölf mittelalterlichen Kirchbauten in der Stadt Mühlhausen.
Der unter Denkmalschutz stehende Bau wurde als Kirche St. Crucis vom ehemaligen Franziskanerkloster im 13. Jh. errichtet. Die Franziskaner standen in Konkurrenz zum Deutschen Orden, welcher hier die Kirchenhoheit hatte. Reste eines Vorgängerbaus sind in der Nordwand des Schiffes noch zu erkennen. Der Bau ist eine einschiffige Saalkirche. Erweiterungen und Umbauten erfolgten 1307, 1392, 1400, und 1568.
Im Jahr 1568 wurde das Kloster aufgehoben und 1702 und 1722 die Kirche im Barockstil umgebaut. Bis 1802 erfolgte noch die Nutzung als Kirche.
Ab da an diente der Bau als städtische Waage und Kornmagazin. Ende des 19. Jh. war sie für Büroräume und Wohnungen verwendet worden.
Erst nach einer musealen Gestaltung in den Jahren 1973 bis 1975 fand der saalartige Innenraum eine angemessene Nutzung statt.