Der Oberlauf der Saale, welche von Hof kommt, bildet zwischen der Einmündung des Tannbachs und der Selbitz die Grenze zwischen Bayern und Thüringen. Anschließend folgt der Flussverlauf durch das Thüringische Schiefergebirge. Dort ist die Saale in einer fünfstufigen Kaskade angestaut. Die bekanntesten Saaletalsperren sind die Bleiloch Talsperre und die Talsperre Hohenwarte, die ein beliebtes Ziel für Touristen und Wassersportler sind.
Der Mittellauf der Saale tritt bei Saalfeld und Rudolstadt aus dem Thüringischen Schiefergebirge, welches zwischen dem Thüringer Wald und dem Vogtland, aus. Sie durchbricht die Randplatten des Thüringer Beckens und passiert die Städte Kahla, Jena und Dornburg. Bei Naumburg nimmt die Saale die Unstrut auf. Hier tritt sie aus dem Naturpark Saale-Unstrut-Triasland aus. Es beginnt ab Weißenfels der Unterlauf der Saale.
Im Saaletal sind die Talsperren Bleiloch und Hohenwarte.Im Osten liegt die Talsperre Zeulenroda und zentral sind die Plothener Teiche.
Die Bleiloch-Talsperre ist ein Naherholungsgebiet und beliebt bei Wassersportlern und Wanderern. Von Saalburg aus ist der Stausee mit Fahrgastschiffen befahrbar sowie mit Sportbooten. Für Motorboote ist die Nutzungszeit auf den 1. März bis 30. November beschränkt. Auch der Hohenwartestausee ist für Wassersportler nutzbar. Außerdem gibt es eine Passagierschifffahrt.
Die Plothener Teiche sind ein Naturschutzgebiet im Saale-Orla-Kreis. Sie erstrecken sich hauptsächlich auf die Gemeinden Plothen, Knau und Dreba und gehören zum Naturpark Thüringer Schiefergebirge/Obere Saale. Die ersten Teiche wurden schon im Mittelalter von Mönchen angelegt. Auf einer Fläche mit einem Radius von 2,5 km gibt es heute noch 600 Teiche. Es ist ein wertvolles Vogelbrutgebiet. Am Hausteich steht ein ca. 300 Jahre alte Pfahlhaus, in dem ein kleines Museum untergebracht ist.
Die Schwarza ist ein etwa 53 km langer, linker Nebenfluss der Saale. Die Quelle befindet sich in der Nähe von Scheibe-Alsbach, nordwestlich des Rennsteiges. Der Fluss durchfließt eine abwechslungsreiche Mittelgebirgslandschaft mit engen Schluchten und weiten Täler bis zur Mündung im Ortsteil Schwarza von Rudolstadt. In ihrem Lauf nimmt die Schwarza 57 Zuflüsse auf. Eine geologische Besonderheit sind ihre Strudeltöpfe im unteren Schwarzatal. Die Schwarza ist zudem der goldreichste Fluss in Deutschland. Das Edelmetall wurde im Fluss selbst oder auf den drei angrenzenden Flussterrassen der Talaue der Schwarza aus dem Kies herausgewaschen.
Die Ilm ist ein linker Nebenfluss der Saale. Sie ist mit den Quellbächen 134,9 km lang und entwässert ein 1043km² großes Gebiet im mittleren Thüringen. Die Ilm Quelle befindet sich südwestlich von Ilmenau. Sie fließt durch eine Karstregion in der ein Teil des Wassers versickert. Über Weimar und Apolda geht der Flusslauf nach Norden, um ebenfalls bei Naumburg in die Saale zu münden.
