Die Stadt bekam eine Lateinschule in welcher der Reformator Jan Hus aus dem nahen Husinec lernte.
Da die Ratsherren von Prachatitz einen Anschluss an die Glaubenslehre von Hus ablehnten, eroberten 1420 die Hussiten die Stadt, es kam zu einem Massaker und zur Vertreibung. Die freie böhmische Königsstadt verlor ihre Rechte, kam an die Rosenberger, das Kaiserhaus und schließlich an die Fürsten Schwarzenberg.
Ein Stadtbrand von 1832 zerstört 80 Häuser. Beim Wiederaufbau wurde auf die mittelalterlichen Verzierungen verzichtet, so dass diese nur noch am Rathaus und an zwei weiteren Häusern erhalten waren.
Die Bewohner lebten vor allem vom Ackerbau, der Viehzucht und der Branntweinbrennerei. Bekannt war der „Prachatitzer“ Perlbranntwein. Es gab hier 138 Branntweinbrenner. Die Stadt besaß Privilegien auf drei Jahrmärkte und Wochenmärkte auf denen sich die Bewohner des Böhmerwaldes mit Getreide und Viktualien versorgten.