An der Mündung des Flusses Maltsch in die Moldau ließ 1265 König Ottokar II. Přemysl die Königsstadt gründen. Die Siedler kamen aus Oberöstereich und Bayern sowie aus dem Böhmerwald. Durch Maut und Zölle wurde die Stadt wohlhabend. Vor 1300 waren der Baubeginn des Dominikanerkloster und Salzstadel. Anfang 14. Jh. entstanden zwei Kirchen und die Stadt erhielt die erste Mauer. Im Verlauf des 15. Jh. war das katholische Budweis ein Stützpunkt gegen die Hussiten. Es hatte zu dieser Zeit ca. 4000 Einwohner.
Im 16. Jh. begann die Silberförderung. 1550 fuhr das erste Salzschiff auf der Moldau nach Prag. In Budweis entstanden mehrere Bauwerke im Renaissancestil. Im Dreißigjährigen Krieg blieb Budweis kaiserlich. Die damaligen Befestigungen machten aus der Stadt eine strategisch wichtige Festung, wohin 1631 die böhmischen Kronjuwelen in Sicherheit gebracht wurden. Es gab nur geringe Schäden an der Bausubstanz, aber ein Großbrand vernichtete 1641 226 Häuser, mehr als die Hälfte der Stadt.
Im Zeitalter des Barock änderte sich das Aussehen der Stadt. Die Verwaltungsreformen im 18. Jh. machten aus Budweis den Sitz eines neu gebildeten Kreises. Das Budweiser Bistum mit einem Priesterseminar und einem Philosophischen Institut stärkte das kulturelle Leben.
1795 gründete die deutsche Bürgerschaft der Stadt das Budweiser Bürgerbräu. Im 19. Jahrhundert machte die Brauerei die Stadt international bekannt. Das 19. Jh. brachte der Stadt einen wirtschaftlichen Aufschwung. Die Pferdeeisenbahn Budweis–Linz–Gmunden war eines der ersten Großprojekte. Gleichzeitig wurde der Schiffsverkehr auf der Moldau nach Prag modernisiert. Dadurch entwickelte sich auch die Industrie und der Handel.
1895 entstand eine von Tschechen gegründete Aktienbrauerei, die heutige Brauerei Budweiser- Budvar, als Gegenstück zum Budweiser Bürgerbräu. Im Jahr 1915 erfolgte die Einberufung von Jaroslav Hašek in die Kaserne am Marienplatz. Seine Erlebnisse verarbeitete er im satirischen Schelmenroman „Der brave Soldat Schwejk“.
Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde die Stadt wieder Verwaltungszentrum des Südböhmischen Bezirkes. Seit 1991 gibt es die Südböhmische Universität in Budweis.
