Der Name Goldenkron erscheint erstmals 1315. König Sigismund 1420 verpfändete das Kloster an die Rosenberger. Im selben Jahr und 1429 wurde die Abtei von den Hussiten niedergebrannt. Im Jahr 1437 kehrten die Mönche in das Kloster zurück. Nach den Rosenbergern und den Eggenbergern ging das Patronatsrecht an die Fürsten Schwarzenberg über.
Eine Klosterschule richtete man 1774 ein. Elf Jahre später hob Kaiser Joseph II. die Zisterzienserabtei auf. Nachfolgend erwarben die Schwarzenberger die Gebäude, die darin eine Manufaktur einrichteten. Nach dem Zweiten Weltkrieg 1948 ging das Klostergut in Staatsbesitz über.
1995 wurde das Kloster zum Nationalen Kulturdenkmal erklärt. Nach der Restaurierung befindet sich eine staatliche wissenschaftliche Bücherei sowie eine Gedenkstätte des südböhmischen Schrifttums in den Klostergebäuden.
