Klatovy wurde im späten 13. Jahrhundert gegründet. Es gab schon eine ältere Siedlung. Sie erhielt einen schachbrettartigen Grundriss und einen ovalen Befestigungsgürtel. Um 1263 wurde der Ort von Ottokar II.Přemysl zur Königsstadt erhoben. Seit 1419 war Klatovy ein bedeutender Stützpunkt der Hussiten.
1620 wurde die Stadt von kaiserlich-katholischen Truppen besetzt. Der Dreißigjährige Krieg führte zu Stadtbränden, Plünderungen und kulturellem Niedergang. 1636 ließ sich der Jesuitenorden in Klatovy nieder. Diese trugen zum Wiederaufbau und zur wirtschaftlichen Entwicklung der Stadt in den folgenden Jahren maßgeblich bei. In der Mitte vom 18. Jahrhundert wurde Klatovy eine Kreisstadt in der Habsburgermonarchie. 1876 öffnete die Eisenbahnstrecke nach Pilsen.
Am 5. Mai 1945 besetzte die 3. US-Armee die Stadt. Sowjetische und tschechische Truppen übernahmen im November 1945 das Gebiet. Danach gehörte Klatovy zum Grenzgebiet.
Nach der Grenzöffnung wurde 1992 die Altstadt von Klatovy unter Denkmalschutz gestellt.
