Oberhalb des Klosters, auf dem Frauenberg, siedelten bereits seit vorgeschichtlicher Zeit immer wieder Menschen. Archäologische Funde zeigen, dass das Gebiet um Weltenburg um 600 christlich geprägt war. Ob Weltenburg das älteste Kloster Bayerns ist, ist nicht eindeutig.
Um das Jahr 700 soll der heilige Rupert die Klosterkirche dem heiligen Georg geweiht haben. Im 8. Jh. übernahmen die Weltenburger Mönche die Ordensregeln vom heiligen Benedikt. Das Kloster wurde vom Herzog Tassilo III. gefördert, wurde nach ihm Reichskloster und 932 das Weltenburg Eigenkloster des Bistums Regensburg.
Eine neue Klosterkirche weihte man 1191. Bis 1328 lebten in Weltenburg Kloster die Augustiner-Chorherren. Im 14. und 15. Jh. wechselten öfters die Äbte und Administratoren. Im Schmalkaldischer Krieg 1546 kam es im Kloster zu Plünderungen und wertvolle Bestände der Bibliothek mussten aus Not verkauft werden. Auch im Dreißigjährigen Krieg kam es zu Plünderungen.
Unter der Zeit des Abtes Maurus I. Bächl von 1713 bis 1743 entstanden zahlreiche barocke Umbauten und Neubauten. Hauptbau war von 1715 bis 1718 und die neue Klosterkirche war ein Bau der spätbarocken Baumeister Gebrüder Asam.
Während der Säkularisation 1803 löste man auch das Kloster Weltenburg auf. Ludwig I. ließ 1842 jedoch das Kloster als Priorat des Klosters Metten neu gründen. Im Jahr 1913 wurde es wieder Abtei.
Das Mönche gutes Bier brauen, ist allgemein bekannt. Im Kloster Weltenburg ist die Bierbrauerei für das Jahr 1050 belegt. Deshalb wirbt die Brauerei mit der Bezeichnung „Älteste Klosterbrauerei der Welt“. Die Klosterbrauerei Weltenburg GmbH produziert etwa 30.000 Hektoliter im Jahr. Das sind umgerechnet stolze 6.000.000 - ½ Literflaschen. Im Klosterhof besteht ein Biergarten. An den Wochenenden werden Führungen durch die Brauerei angeboten.
Das „Weltenburger Kloster Barock Dunkel“ wurde bereits dreimal als bestes Dunkelbier mit dem „Welt Beer Cup“ ausgezeichnet.
