Nach dem Dreißigjährigen Krieg musste das Kloster neu erbaut werden. Baumeister waren die Brüder Dientzenhofer. Die Bauarbeiten begannen 1698. 1719 wurde die Kirche geweiht. Der Baustil der Gebäude ist der süddeutsch-böhmische Barock.
Ende vom 18. Jahrhundert genoss die Abtei Banz als Stätte der katholischen Aufklärung und durch seine gelehrten Mönche einen reichsweiten Ruf.
1803 übernahm das Kurfürstentum Bayern die Klosterverwaltung. 1814 erwarb der Herzog Wilhelm von Bayern das Kloster als Schloss.
Nach 1918 verpachteten die Wittelsbacher das Kloster und die Ländereien an verschiedene Nutzer und verkauften es 1933.
Ab 1942 waren Teile des Klosters Lazarett und dienten zur Lagerung geraubter Kunstschätze. Nach 1945 wurde ein Altenheim für Flüchtlinge eingerichtet.
1978 überließen die Besitzer das einstige Klosteranlage der CSU- nahen Hanns-Seidel-Stiftung als Schenkung und Tagungsstätte. Die Abteikirche ging an die örtliche Kirchgemeinde.