Der heutige dreischiffige Kirchenbau entstand im 14. Jh. im gotischen Stil. Zwischen 1452 und 1456 wurde der 130 m hohe Kirchturm erbaut, einer der größten in Europa.
Im April 1525 war die Reformation in Breslau und St. Elisabeth wurde als eine der ersten schlesischen Kirchen evangelisch.
Der rekordverdächtige Kirchturm stürzte bei einem Sturm 1529 ein. Bis 1535 baute man als Ersatz einen 90 m hohen Kirchturm. Die Pannen gingen weiter. 1649 brach ein Pfeiler vom Nordschiff beim Frühgottesdienst zusammen, da er Last und Schwingungen der Orgel nicht standhielt. Weitere Pfeiler folgten vier Tage später.
Bei einer Explosion im Nachbarhaus 1749 zerbrachen die meisten Kirchenfenster. 1857 stürzten bei Renovierungsarbeiten wiederum zwei Pfeiler ein.
Zur 600 Jahr-Feier der Kirchweihe war das Königspaar anwesend und schenkte der Kirche ein 77 Fuß hohes Glasfenster.
Den Zweiten Weltkrieg überstand St. Elisabeth mit nur leichten Beschädigungen. Am 30. Juni 1946 erfolgte die letzte evangelische Predigt. Im Juli beschlagnahmte man die Kirche. Seit der Enteignung ist sie katholische Garnisionskirche.
