Die Zschopau entspringt im Mittleren Erzgebirge, ist der linke, 130 km lange Zufluss der Freiberger Mulde und entwässert ein Gebiet von 1847 km². Sie fließt durch Crottendorf und weiter nach Schlettau und dann durch die Orte Tannenberg, Wiesa und Thermalbad Wiesenbad. Dahinter nimmt sie das Wasser des Pöhlbaches auf. Kurz vor Wolkenstein kommt die Preßnitz dazu. Bei Scharfenstein mündet die Wilisch ein.
Am Mittellauf der Zschopau liegen die Städte Wolkenstein, Stadt Zschopau und Flöha. Nördlich von der Augustusburg fließt die Flöha in die Zschopau. Die Bahnlinie Flöha-Annaberg verläuft in dem kurvenreichen, engen, felsigen Tal.
Am Unterlauf liegen die Städte Frankenberg/Sa. und Mittweida. Unterhalb Mittweida in Sichtweite der Burg Kriebstein staut die Talsperre Kriebstein den Fluss, welcher weiter durch Waldheim fließt. Am Dorf Schweta westlich von Döbeln mündet die Zschopau in dieFreiberger Mulde. Parallel verläuft die Bahnlinie Riesa Chemnitz.