Von 1028 bis 1032 wurde durch die Ekkehardiner der Bischofssitz von Zeitz nach Naumburg verlegt. Im 13. Jh. zogen die Bischöfe wieder nach Zeitz, sie wurden aber in Naumburg gewählt. Mit dem Tod des Bischofs Julius von Pflug 1564 wurde das Bistum aufgelöst.
Im Dreißigjährigen Krieg wurde die Burg mehrmals belagert und 1644 von den Schweden zerstört.
Der Kurfürst Johann Georg I. legte die Aufteilung von Kursachsen 1652 unter seinen Söhnen fest.
Der Jüngste, Moritz, erhielt 1656 das Sekundogenitur Herzogtum Sachsen-Zeitz. Der Landbaumeister Johann M. Richter und sein Sohn erbauten von 1657 bis 1678 die Barockresidenz Moritzburg.
1718 starb Herzog Moritz Wilhelm und somit fiel nach 69 Jahren das Herzogtum Sachsen-Zeitz an das Kurfürstentum zurück.
