Die Existenz der Siedlung ist schon 1007 nachgewiesen. Sie gehörte zum Herrschaftsbereich vom Bistum Eichstätt. Schon 1053 erhielt Beilngries Marktrechte. Seit dem Mittelalter gibt es eine Stadtmauer, die bis heute in Teilen zu besichtigen ist.
Unter bayerischer Verwaltung gab es ein Landgericht, später ein Bezirksamt und 1939 wurde Beilngries Landkreis. 1972 kam der LK Beilngries zum LK Eichstätt.
Einen wirtschaftlichen Aufschwung brachte der Bau vom Ludwig-Donau-Main-Kanal um 1835 bis 1845. In der Stadt gab es eine Ladestelle für den Holz- und Viehhandel. Der Betrieb wurde 1950 eingestellt.
Einige Schleusen, so die Nr. 22 in Beilngries, sind erhalten.