Die größten Lager waren in Litomerice und Hersbruck. In der Zeit von 1938 bis 1945 wurden hier insgesamt 100.000 Gefangene eingesperrt, davon kamen mindestens 30.000 ums Leben.
Als Denkmale sind zwei Baracken, die Kommandantur, ein Wachturm, die Hinrichtungsstätte im Arresthof, das Krematorium, die Aschepyramide und die Gedenkanlage „Tal des Todes“ erhalten. Die Gedächtniskapelle wurde 1946/1947 errichtet.
Das Gefangenenlager der zweiten Generation war ab 1938 ein Teil der Wirtschaftsbetriebe der SS zur völligen Ausbeutung und Vernichtung durch Hunger und Arbeit. Der Granitabbau für die gigantischen Bauvorhaben der Nazis war der Grund für die Errichtung dieses Lagers in Flossenbürg.
Allein die Wachmannschaften und die Verwaltung des Lagerkomplexes umfasste 1945 über 3.000 Personen.
In der Flugzeugproduktion arbeiteten Ende 1944 5.200 Häftlinge bei ca. 8.000 Gefangenen insgesamt.
Ab 1942 entstanden die ersten Außenlager. In mehreren Todesmärschen wurden im April 1945 die meisten Häftlinge evakuiert. Am Morgen des 9. April 1945 wurden auf ausdrücklichen Befehl Hitlers die Sondergefangenen Bonhoeffer, Canaris, Gehre, Oster und Strünck hingerichtet. Die Sonderhäftlinge Schuschnigg, Schacht, Halder, von Bonin, Müller und von Schlabrendorf wurden am 8./ 9. April abtransportiert.
Am 23. April 1945 befreite die US-Armee Flossenbürg. Im Jahr 1946/1947 fand in Dachau der Flossenbürg-Hauptprozess statt. Es folgten eine Reihe weiterer Prozesse vor dem US Militärgericht.
Im Juni 2006 wurden die noch erhaltenen ehemaligen Gebäude des KZ Flossenbürg zu Baudenkmälern erklärt. Die Ausstellung der KZ-Gedenkstätte in der ehemaligen Wäscherei wurde 2007 eröffnet.
