Während der Hussitenzüge und dem Landshuter Erbfolgekrieg wurde das Kloster mehrmals geplündert. Auch im Bauernkrieg besetzten die Bauern das Kloster und plünderten es. Ab 1569 war das Kloster lutherisch, verwaltet durch die Pfalzgrafen.
Die Rekatholisierung machte Waldsassen wieder zu einem Zisterzienserkloster, 1647 plünderten es die Schweden. Ab 1690 war es wieder eine Abtei. Es begann die zweite Blüte des Klosters.
Ab 1681 wurde ein Neubau begonnen. Baumeister waren Abraham Leuthner und die Brüder Dientzenhofer. Im Jahr 1803 erfolgte die erneute Auflösung. Der Grundbesitz des Stiftlands umfasste damals 715 km² mit 20.000 Untertanen. Tirschenreuth und mehr als 150 weitere Ortschaften gingen in bayerischen Landesbesitz über. Das Kloster wurde verkauft.
1863 wurde das Kloster von Zisterzienserinnen wieder besiedelt, 1925 erhob man es zur Abtei.
Im Jahre 1969 erhob der Papst die Stiftskirche zur Basilica minor.