Durch Verpfändung übernahm Apel Vitztum d.Ä. die Burganlage. Da er sich im sächsischen Bruderkrieg als übler Raubritter betätigte, zog die Stadt Erfurt gegen die Wachsenburg, belagerte und eroberte sie. Die dabei beschädigte Anlage verfiel.
Der Gothaer Herzog Ernst der Fromme übernahm 1640 die Wachsenburg. Er ließ einen 97 m tiefen Brunnen schlagen. Nach 1651 wurde ein Gefängnis geplant. Die Burg erhielt einen militärischen Kommandanten. 1861 zog ein Verwalter und Wirt auf der Veste ein.
Aus der Burg wurde ein Militärmuseum und im neoromanischen und neogotischen Stil umgebaut. Bis zum 1. Weltkrieg waren die Baumaßnahmen im wesentlichen abgeschlossen.
Bis 1918 gehörte die Wachsenburg den Herzögen von Sachsen-Coburg-Gotha. 1920 übernahm sie der Freistaat Thüringen. Anfang des Jahres 1945 wurde ein Depot für die Weimarer Kulturgüter eingerichtet. Am 4. April 1945 besetzten die amerikanischen Truppen die Burganlage. Zahlreiche Kulturgüter verschwanden, die Militaria-Sammlung wurde durch die Rote Armee abtransportiert.
1966 wurde ein Hotel als Regierungsgästehaus eingerichtet. Der Freistaat Thüringen als Besitzer verpachtete die Burg und 2001 ist sie im Privatbesitz.
