Der Nebenfluss der Moldau Otava (Wottawa) entsteht im Böhmerwald. Er fließt meist in nordöstliche Richtung und mündet in die Orlik Talsperre der Moldau bei der Burg Zvíkov. Der obere Flussverlauf ist schnell mit vielen Stromschnellen, Felsblöcken und unregelmäßigen Schwellen im Flussbett. Das Otava-Tal ist eng und bewaldet. Ab Sušice verringert sich die Fließgeschwindigkeit. Auf ihrem Lauf durch die Region um Strakonice und Pisek und bis zur Orlik-Talsperre ist sie ein ruhiger Fluss.
Auf seinen letzten 22 Kilometern bis zur Mündung bei Burg Zvíkov wird der Fluss durch die Orlik-Talsperre gestaut. In den Flussschleifen unterhalb der Mündung der Lomnice bildete die Otava bis zum Stau weitere Stromschnellen und Untiefen. Auf ihrem Lauf von 113 km nimmt sie über 30 Fließgewässer in sich auf.
Die Lužnice (Lainsitz) ist ein Nebenfluss der Moldau und ihre Gesamtlänge beträgt etwa 200 Km, davon 43 km in Österreich. Dort entspringt sie in Freiwald im Waldviertel. Nach zwei Kilometern wechselt sie auf tschechisches Gebiet und fließt entlang der Grenze nach Norden. Bei St. Martin kommt sie zurück nach Österreich. In der Stadt Gemünd wird sie kurz noch einmal Grenzfluss, um dann endgültig nach Tschechien einzuschwenken.
Die nächsten 100 km fließt sie durch das Wittingauer Becken mit insgesamt nur 100 Meter Gefälle. Sie durchfließt den nördlich von Třeboň liegenden Rosenberger Teich, welcher von 1585 bis 1589 angelegt wurde. Der Damm ist 2.430 Meter lang, bis zu 9,8 Meter hoch und am Fuß 51 Meter breit. Die Breite der Dammkrone, die mit bis zu 400 Jahre alten Eichen bewachsen ist, erreicht 13,5 Meter. Ursprünglich war er über 1000 ha groß.
Bis Tábor bildet die Lužnice (Lainsitz) ein canonartiges Tal. Nördlich von Týn nad Vltavou mündet sie in eine Vorsperre der Orlik-Talsperre der Moldau. Sie ist der beliebteste Fluss für die Wassertouristik in Tschechien.
