Das Alte Schloss Schleißheim entstand als Herrenhaus auf dem sogenannten Schwaighof als Alterswohnsitz vom abgedankten Herzog Wilhelm V. Die Ortswahl fiel auf Schleißheim, da die Sommerresidenz Schloss Dachau nahe war. Wilhelm V., der Gründer vom Hofbräuhaus am Platzl, gründete auch hier eine Brauerei. Sein Sohn Maximilian I. ließ das Herrenhaus durch den Bau des Alten Schlosses ersetzen.
Nachdem 1679 Max-Emanuel die Regierung übernommen hatte, begann er den umfangreichen Neubau des Schleißheimer Schlosses neben dem Alten Schloss.
Das Neue Schloss Schleißheim wurde im Auftrag vom Kurfürsten Max Emanuel erbaut. Der Kurfürst konnte sich zur Wende ins 18. Jh. Hoffnung auf eine Rangerhöhung machen (wie auch die preußischen und sächsischen Kurfürsten). Um dieses nach Außen zu zeigen, plante er ab 1696 eine Sommerresidenz nach französischen Vorbild. Der Schlossbau begann 1701. Durch das erzwungene Exil des Kurfürsten kamen die Arbeiten 1704 zum Erliegen.
Nach der Rückkehr von Max Emanuel 1715 nach Bayern begann die Bauausführung wieder. Es wurde bis zum Tode des Kurfürsten 1726 nur der Hauptbau fertig gestellt. Gleichzeitig fand aber auch der Neubau des Schlosses Nymphenburg statt, was große Mittel und Kapazitäten verschlang.
Die Nachfolger ließen nur wenige Ausbauarbeiten ausführen, da sie das Schloss Nymphenburg bevorzugten. Am Schloss entstand ein großzügiger Park.
Das Neue Schloss in Schleißheim mit seiner Gemäldesammlung wurde schon zu Beginn des 19. Jahrhunderts der Öffentlichkeit als „Galerieschloss“ zugänglich gemacht.
Durch Leo von Klenze erfolgten 1819 klassizistische Änderungen an der Fassade.
Im Zweiten Weltkrieg wurde das Schloss im April 1945 durch zwei Bomben beschädigt.
Das Neue Schloss Schleißheim ist für den Verkehr Besucher geöffnet.
