Im Jahre 764 gründete der alemannische Adlige Silach das Kloster. Es ist den Hl. Alexander von Rom und dem Hl. Theodor Tiro geweiht. Kaiser Otto I. erhob 972 die Abtei zur Reichsabtei.
Bei der Klosterreform im 11. Jh. und Anfang des 12. Jh. spielte die Abtei eine große Rolle.
Das Herrschaftsgebiet vom Klosters umfasste 27 Dörfer des Umlandes. Die Unterstellung Ottobeurens unter die Herrschaft vom Bistums Augsburg und innerer Werteverfall schwächten das Kloster.
Der Benediktinermönch, Philologe und Humanist Nikolaus Elenbog war Initiator der Gründung einer Universität Ottobeuren. Diese wurden 1543 von den Benediktinerabteien Donauwörth, Elchingen, Irsee, Ochsenhausen, Ottobeuren, Weingarten, Wiblingen und Zwiefalten gegründet. Nach einem Jahr verlegte man sie nach Elchingen (Ulm).
Später ging die Ottobeurener Universität in der Universität Dillingen auf.
Die Klosteranlage wurde im 17. und 18. Jh. als eine der prächtigsten barocken Klöster ausgebaut. Dieses zeugt von der ehemaligen wirtschaftlichen Bedeutung.
Das Kloster Ottobeuren wurde 1802 aufgelöst. Achtzehn Mönche konnten bleiben. 1835 erfolgte die Wiedernutzng vom Kloster als Priorat der Abtei St. Stephan in Augsburg. Ab 1918 war es wieder eine selbständige Abtei.
Von 1946 bis 1975 betrieb das Kloster in seinen Räumen ein Progymnasium (5. bis 10. Klasse) als Jungeninternat, das Collegium Rupertinum.
Heute finden regelmäßig Orgelkonzerte in der Klosterkirche und weitere Konzerte im Kaisersaal statt.
