1406 erwarben die Berken von Duba die Herrschaft und 1428 folgten die Wartenberger aus Tetschen.
Hohe Schulden zwangen 1515 die Wartenberger, die Herrschaft an die Herren von Salhausen zu verkaufen. Diese teilten die Herrschaft. Kamnitz gehörte ab 1614 den Grafen Kinsky. Mit dem Bau des Schlosses und der Marienkapelle entwickelte sich Kamnitz im 17. Jh. zu einer repräsentativen Barockstadt.
Infolge der Rekatholisierung kam es 1625 zu einem Bauernaufstand. Die Kamnitzer Einwohner nahmen auch an den Bauernaufständen von 1680 und 1775 teil. Im Dreißigjährigen Krieg kam es 1634 durch kaiserliche Truppen zu einem großen Stadtbrand. Schwedische Truppen plünderten zehn Jahre später.
Die Stadt erlitt durch Überschwemmungen von 1656, 1677 und 1753 starke Schäden. Die Pest wütete im Jahr 1713 und 1778 gab es einen weiteren Stadtbrand.
