In den Jahren 1347–1355 gründeten die Landgrafen von Leuchtenberg den Ort neu als Planstadt, denen Kaiser Karl IV. 1355 das Stadtrecht verlieh. 1357 veräußerten die Landgrafen die „Stadt und Veste“ (die Neustadt) an Karl IV. und somit war Pegnitz bis 1402 dem Königreich Böhmen zugehörig.
Wenzel „Der Faule“ verpfändete den Besitz an Johann III. von Hohenzollern. Wenzel konnte aus Geldnot den Pfand nicht auslösen. Albrecht Alcibiades erteilte den Bürgern der Stadt 1542 das Braurecht. Um 1900 gab es immer noch mehr als 100 brauberechtigte Bürger.
Das ehemalige Obervogtamt vom Fürstentum Brandenburg-Bayreuth fiel mit diesem an Frankreich. Die französische Militärverwaltung wurde gegen Entschädigung 1810 an das Königreich Bayern abgegeben.
Im Jahr 1890 erfolgte Industrialisierung, es entstand die Eisengießerei Pegnitzhütte. Sie ist heute noch als Teil des KSB-Konzerns größter Arbeitgeber der Stadt.
Nach 1945 nahm die Bevölkerung stark zu durch Vertriebene aus den deutschen Ostgebieten.
Eine starke Bautätigkeit setzte ein. Pegnitz wurde auch eine Schulstadt durch zahlreiche neuerrichtete Bildungseinrichtungen.
Bis 1972 war die Stadt Verwaltungszentrum des gleichnamigen Landkreises und kam mit der Reform zum Landkreis Bayreuth.
