Spuren erster Besiedlung des Gebietes um Erfurt gibt es aus der Altsteinzeit. Archäologische Funde im Norden Erfurts zeugen von Menschen um 100.000 v. Chr. Weitere Funde bei Erfurt-Melchendorf belegen die Besiedelung in der Jungsteinzeit. In den Jahren 2000 bis 2003 fand man beim Autobahnbau bei Erfurt-Frienstedt eine germanische Siedlung aus der Zeit des Thüringerreiches.
Die erste urkundliche Erwähnung von ‚Erphesfurt‘ findet sich in einem Brief des Bonifatius von 742. Das Bistum Erfurt wurde bereits 755 mit dem Erzbistum des Missionars in Mainz vereinigt. Um 805 gehörte die Siedlung zum Reich Karl des Großen, war eine Königspfalz, welche auf dem Petersberg vermutet wurde. Bis 1802 übten die Mainzer Erzbischöfe hier ihre Herrschaft aus. Durch die Lage an der Via Regis von Köln bis Leipzig erhielt sie große Bedeutung als Handelszentrum.
Im 13. Jh. entwickelte sich Erfurt zum Handelszentrum des Färberwaids und zu einem Bildungszentrum in Deutschland. Sie erhielt 1379 das Privileg und gründete die dritte Universität in Deutschland. Einer der bekanntesten Studenten der Erfurter Universität war Martin Luther, welcher hier 1505 den Magister der Philosophie erhielt. In der Reformationszeit setzte sich der evangelische Glaube durch. Die Herrschaft verblieb aber beim katholischen Erzbistum Mainz. Im Dreißigjährigen Krieg besetzten die Schweden die Stadt.
Im 14./15. Jh. war Erfurt mit ca. 20.000 Einwohnern neben Köln, Nürnberg, Magdeburg und Augsburg eine der deutschen Großstädte und erreichte den Höhepunkt ihrer wirtschaftlichen, kulturellen und politischen Macht. Kaiser Ludwig IV., der Bayer, erteilte der Stadt das Messeprivileg.
1664 errangen die Kurmainzer wieder die Herrschaft über Erfurt und das Umland. Der Kurfürst und Erzbischof ließ auf dem Petersberg die Zitadelle errichten. Beim Reichdeputationshauptschluss der Neuordnung der Machtverhältnisse im Heiligen Römischen Deutschen Reich und dessen Auflösung erhielt Preußen das Gebiet. Nach der vernichtenden Niederlage in der Schlacht von Jena und Auerstedt besetzten die Franzosen die Stadt. Erst nach Belagerung räumten sie 1814 die Stadt und Festung Petersberg. Die Stadt gehörte nun wieder zu Preußen. Das Umland kam zu Sachsen-Weimar-Eisenach.
In der Zeit der Industrialisierung entwickelte sich der Maschinenbau, der Gartenbau und die Saatzucht wurden weltweit führend. Der Däne N.L. Chrestensen gründete 1867 den Pflanzen- und Samenzuchtbetrieb und ein reger Handel entwickelte sich. So gründete er die Fleurop AG mit.
Zur Zeit der Bildung des Freistaates Thüringen 1920 blieb Erfurt bei Preußen. Nach dem wirtschaftlichen Aufschwung traf die Weltwirtschaftskrise die Stadt schwer.
In der Zeit der Nazi-Herrschaft wurde Erfurt eine der größten Garnisionsstädte. Ab 1939 mussten bis 15.000 Kriegsgefangene und Zwangsarbeiter in den Erfurter Betrieben arbeiten. Die Stadt erlebte 27 Luftangriffe. Ungefähr 1600 Zivilisten verloren ihr Leben, 530 Gebäude wurden total zerstört und 2550 beschädigt. 23.000 Menschen verloren ihr Obdach. Wertvolle Profan- und Sakralbauten in der Altstadt gingen verloren.
Am 12. April 1945 besetzte die US-Armee Erfurt, am 3. Juli übernahm die Sowjetarmee die Stadt. Mit der Auflösung des Staates Preußen kam Erfurt am 7. Juli 1948 als Landeshauptstadt zu Thüringen. 1952 wurde die Stadt zum Sitz des Bezirkes Erfurt. Durch Abriss eines Altbauviertels entstand am Ende der 1960-ziger Jahre ein Neubauviertel mit 11- bis 16-geschossigen Plattenbauten. Der Abriss des Andreasviertels konnte durch die Wende 1989 verhindert werden.
Im März 1970 war in Erfurt das Gipfeltreffen zwischen Willy Brandt und Willi Stoph, welches die Entspannungsperiode zwischen der BRD und der DDR einleitete. Am 3. Oktober 1990 wurde der Freistaat Thüringen neu gegründet. und 1994 erfolgte die Neugründung der Erfurter Universität.
