Die Bergstadt entstand nach dem Dreißigjährigen Krieg als zahlreiche vertriebenen Protestanten aus der benachbarten Bergstadt Platten / in Böhmen kamen . Es entwickelte sich der Bergbau mit dem Abbau von Eisenerz, Zinn und Silber.Das erste Eisenblechwalzwerk Sachsens wurde in Wittigsthal im Schwarzwassertal im 1651 erbauten Hammerwerk „ Haberlandmühle“ in Betrieb genommen. Im Jahr 1789 erhielt der Freiberger Forscher Martin Heinrich Klaproth Proben von Pechblende aus Johanngeorgenstadt. Aus ihnen isolierte er erstmals das Element Uran.
Im August 1867 vernichtete ein Großbrand 287 der 355 Häuser in der Stadt. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde die Stadt ein Zentrum des Wettlaufes um waffenfähiges Uran. Zwischen 1946 und 1958 erfolgte ein intensiver und teilweise rücksichtsloser Bergbau durch die SDAG „Wismut“. Im Spätsommer 1948 wurde die Mühlbergsiedlung – Barackensiedlung als Quartier für etwa 8000 Kumpel der Wismut-Bergwerke angelegt.
Bergschäden durch den intensiven Bergbau erzwangen 1953 den Abriss fast der gesamten Altstadt. Als Ersatz für die abgerissene Stadt wurde bis 1957 die Neustadt errichtet und ca. 4000 Menschen wurden umgesiedelt.
Johanngeorgenstadt wurde ab Ende der 50-er Jahre ein beliebter Erholungsort und bis zu 40 Ferienheime und Betriebsferienlager gab es in und um die Stadt. Die nach der 'Wende' ab 1990 einsetzenden Betriebsschließungen sorgten für einen enormen Rückgang der Bevölkerungszahl weit unter das Vorkriegsniveau. Dies führte zum Abriss zahlreicher leerstehender Fabrik- und Wohngebäude. (vor allem in Neuoberhaus, Pachthaus, Mühlberg und der Mittelstadt). Von den Abbruchmaßnahmen war 2005 auch eines der wenigen verbliebenen Kulturdenkmale, das Bergmagazin von 1812, betroffen.
