Die älteste bezeugte Siedlung im Stadtgebiet war Frohse (936). Nach einem starken Hochwasser 1020 änderte sich der Flusslauf der Elbe. Im Jahr 1170 erschien erstmals der Name Elmen (Bad Salzelmen) in einer Bischofsurkunde. Erst um 1223 erschien der Name Schönebeck. Größere Bedeutung als das Dorf Schönebeck hatte der Ort Groß Salze. Schon 1470 gab es eine Ordnung, welche die Salzgewinnung regulierte, die „Groß Salzer Willkür“. Zwanzig Jahre später wurde auch in Schönebeck die Salzgewinnung durch eine Vorschrift geregelt.
Im preußischen Herzogtum Magdeburg unterstand Groß Salze direkt der Regierung, während Schönebeck und Frohse eigenständig waren. Im Jahre 1839 war schon der Eisenbahnanschluss nach Magdeburg hergestellt, was die Entwicklung der Industrie stark beförderte. Bisher gab es für die Elbquerung vorrangig die Fähren . Erst 1912 erfolgte der Bau der ersten Elbbrücke.
Im Jahr 1894 begann die Fusionierung der wachsenden Städte. Alt Salze (Elmen) wurde nach Groß Salze eingemeindet. Auf Grund der Kuranlagen erhielt 1926 Groß Salze den Namen Kurort Bad Salzelmen. 1932 vereinigten sich Bad Salzelmen, Frohse und Schönebeck zu Schönebeck-Bad Salzelmen und ab 1933 nur noch Schönebeck genannt.
Die Stadt Schönebeck blieb im Zweiten Weltkrieg weitgehend verschont. Truppen der Wehrmacht sprengten Ende April 1945 die Bogenbrücke über die Elbe. Die Junkerswerke wurden demontiert und gesprengt. Auf den Fundamenten entstanden später die Hallen des IFA-Traktorenwerkes.
Die neue Elbebrücke wurde 1952 dem Verkehr freigegeben. Zeitweise wuchs die Stadt auf über 44.000 Einwohner an und Schönebeck wurde Kreisstadt im Bezirk Magdeburg. 2007 mit der Kreisreform verlor sie wieder den Status einer Kreisstadt.
