Der Ort wurde geprägt von der Burg Meersburg aus der Zeit der Merowinger. Eine urkundliche Nennung gibt es jedoch erst 1047 . Die Burg hatte eine Bedeutung zum Schutz der Fährverbindung zum Südufer. Diese Fähre war die wichtigste Verbindung von der Straße entlang des Bodensees nach Konstanz.
Nach dem Lehnsbesitz der Grafen von Rohrdorf bis 1210 übernahmen die Bischöfe von Konstanz die Herrschaft. Die benachbarten Herrschaftsterritorien waren im Besitz der Klöster St. Gallen und auf der Reichenau. Bis 1802 gehörte das Territorium den Bischöfen.
Die Siedlung oberhalb der Burg, die heutige Oberstadt, erhielt 1233 Marktrecht, baute ab 1260 eine Mauer und erhielt 1299 Stadtrecht. Danach entstand durch Aufschüttung die Unterstadt.
1509 wurde das Alte Schloss ausgebaut und der Hafen gebaut. Im Jahr 1526 siedelte der bischöfliche Hof nach Meersburg über, da sich Konstanz der Reformation angeschlossen hatte. Der Dreißigjährige Krieg und mehrere Pestepidemien reduzierten die Einwohnerzahl auf ein Sechstel.
Die Burg Meersburg war bis zum Bau des Neuen Schlosses 1750 der Wohnsitz des Konstanzer Bischofs. 1802 übernahm der Markgraf von Baden die Stadt Meersburg, das Bistum wurde 1803 aufgehoben.
Der Fürstbischof Karl Theodor von Dalberg nahm dabei keinen Schaden er wurde Fürstprimas des Rheinbundes und Großherzog von Frankfurt zu Napoleons Gnaden.
Meersburg verlor an Bedeutung und war nur noch Hauptort im Amtsbezirk.
Das Alte Schloss kam 1838 in Privatbesitz der Familie von Laßberg. Die Schwägerin des Besitzers, die Schriftstellerin Anette von Droste-Hülshoff lebte einige Zeit hier, wo sie auch starb.
Am Ende des 19. Jh. wurde die Stadt durch die bessere Verkehrsanbindung zu einer Hochburg für Touristen befördert. Modernisierungen erfolgten in den 1970-ger Jahren. Die Altstadt wurde unter Denkmalschutz gestellt.
Um den Ort ist ein wichtiges Weinbaugebiet, bevorzugt durch die Südhanglagen zum Bodensee. Die Weinberge in Unteruhldingen und Hagenau sind vom See her gut zu erkennen.
Bekannte Betriebe sind der Winzerverein Meersburg e.G., die Spitalkellerei Konstanz, das Staatsweingut Meersburg und das Weingut Markgraf von Baden. Mehrere Kleinbrennereien gibt es.
