1429 stürmten Hussiten die Stadt und Kloster, plünderten und brandschatzten. Der Abt Eberhard, nach Zwickau entwichen, musste Schlettau verpfänden, um die Zerstörungen zu beseitigen. Danach versuchte man, sich auf gütlichem Wege mit den böhmischen Aufständigen zu einigen. Da diese Zusammenarbeit vom Kirchenstaat als Ketzerei eingeschätzt wurde, belegte Papst Paul II. das Kloster und seine Besitzungen mit dem Bann und exkommunizierte die Mönche und den Abt. Erst 1469 wurde der Bann aus wirtschaftlichen Interessen des Klosters und der Kirche aufgehoben.
1525 griffen Schönburger und Grünhainer Bauern das Kloster und die Dörfer in der Umgebung an. Während Ernst II. von Schönburg zur Schlacht bei Frankenhausen weilte, sammelten sich bei Zwickau und Stollberg am 6. Mai 1525 ca. 3000 Bauern. Am 7. Mai stürmten sie die Klöster Grünhain und das Cella bei Aue.
Das Ende nahte kurz danach durch die Reformation. Schon 1522 sollen 16 Mönche ihre Kutte abgelegt haben. 1533 beantragte eine kurfürstliche Kommission die Auflösung des Klosters. Drei Jahre später gingen die Besitzungen an den sächsischen Kurfürsten. Die Klosterbesitzungen wurden zum kurfürstlichen Amt Grünhain.