Erstmals erwähnt wird die Burg 1122 als Besitz der Zähringer, welche im benachbarten Gebiet um Freiburg regierten. Ausgrabungen auf dem Burgberg aber bewiesen, das hier schon ein Kastell der Römer war. Nach den Römern nutzten die Alamannen und die Franken die Höhenburg mit weitem Blick über das Oberrheintal.
Die Burg diente im Mittelalter auch dem Schutz des in den Ausläufern vom Schwarzwald betriebenen Silberbergbau. 1130 wird der Ministeriale Rudolf von Baden auf der Burg benannt. Aber schon 1147 kam sie als Mitgift an die Welfen und diese tauschten sie mit den Staufern.
Die Besitzwechsel gingen so weiter, es wechselten sich ab die Grafen von Freiburg, die Grafen von Straßberg, das Haus Fürstenberg, die Habsburger und um 1400 war sie wieder bei den Grafen von Freiburg. Dessen letzter Vertreter schenkte sie 1444 den Markgrafen von Hachberg-Sausenberg.
Durch einen Erbvertrag gelangte sie 1503 an die Markgrafen von Baden. Nach der Besetzung der Stadt Freiburg im Holländischen Krieg 1677 besetzten französische Truppen auch die Burg Badenweiler. Beim Abzug 1678 zündeten die Franzosen die Burg an und sprengten Teile von ihr. Danach diente sie den Bewohnern als Steinbruch.