Die Ersterwähnung des Ortes war 1268 in einer Urkunde des Markgrafen Otto von Brandenburg. Die Wirtschaft in dem Ort war geprägt von Handwerk und Landwirtschaft in einem sehr kargen Umland. Durch insgesamt 13 Stadtbrände wurde die Entwicklung immer wieder zurückgeworfen.
Beherrschend für die Stadt und ihre Entwicklung war die ansässige Familie von Martin, der ein Großteil der landwirtschaftlich nutzbaren Flächen um Rothenburg gehörte.
Die Bewohner waren zweisprachig, ein großer Teil der Bevölkerung von ihnen war sorbischer Nationalität.

Nach dem Wiener Kongress fiel 1815 Rothenburg an Preußen. Die Stadt wurde Verwaltungszentrum vom Landkreis Rothenburg / Oberlausitz, eines der flächenmäßig größten Kreise Preußens. Ende vom 19. Jh. entstanden zwei diakonischen Einrichtungen, der Martinshof und das Martin-Ulbrich-Haus (Orthopädische Klinik, früher Schlesisches Krüppelheim).

Am Ende des Zweiten Weltkriegs wurde Rothenburg stark umkämpft. Die 2. Polnische Armee bildete im Februar einen Brückenkopf. Durch die Gefechte wurden die Stadt und Tormersdorf sehr stark zerstört.
Da der größte Teil des Kreises unter polnische Verwaltung kam, schloss man die Stadt Rothenburg dem Kreis Weißwasser an. 1947 kam sie zum neugebildeten Kreis Niesky im späteren Bezirk Dresden.