An der oberen Moldau befand sich bereits im Tertiär ein natürlicher See, welcher sich einen Durchbruch schuf und das Moldautal formte. Dieses Gebiet war in der Mittelsteinzeit besiedelt. Nachgewiesen sind Orte wie z.B. Frymburk (Friedberg), welcher bereits 1277 erwähnt wird. Holzfäller nutzten die Energie des Flusses zum Holzschwemmen. Am Oberlauf der Moldau gab es damals zahlreiche Mühlen und Hammerwerke.

1892 gab es erste Überlegungen durch Staudämme die Hochwassergefahr zu verringern. Es kam nicht dazu, da die Landwirte nicht bereit waren, ihre Grundstücke zu verkaufen. Das Hochwasser 1920 führt zu einer erneuten Planung und 1930 gab es die ersten konkreten Pläne von Ingenieuren des Landesamtes, den geplanten Damm in der Nähe von Lipno zu errichten. Der Ort eignete sich, da hier auf 10 Flusskilometern einen Abfall von 145 m bestand.

Nach der Vertreibung der Sudetendeutschen nach 1945 waren die Grundbesitzverhältnisse für die Regierung vereinfacht, da viele Grundstücke dem Staat zufielen. Die ersten Bauarbeiten begannen bereits 1950. Etwa 550 ha Wald waren abzuholzen, vier Orte abzureißen und zwei Friedhöfe zu verlegen.
Das Kraftwerk Lipno I entstand als Kavernenkraftwerk. Zwei Abflusstollen von 3,6 km mussten gebohrt werden. Am 30. Dezember 1955 um 02:30 Uhr wurde die Moldau in ihr neues Flussbett umgeleitet.
Im Januar 1957 begann der Bau des unterirdischen Kraftwerks (Höhle - Innenmaße 60 x 22 x 38 m). Juni 1958 wurde der letzte Block des Damms betoniert und Juli 1959 fand der erste Probelauf des elektrischen Systems statt.