Nach dem Tod des Bischofs 1724 ließ der Nachfolger im Amt den Bau einstellen. Franz Karl von Schönborn folgte 1729 als Fürstbischof und ließ den Bau fortsetzen.
Der endgültige Innenausbau war erst im Jahr 1781 fertiggestellt. Bis zur Säkularisation im Jahr 1803 der geistlichen Territorien war die Residenz der Sitz der Fürstbischöfe.
Heute wird sie überwiegend als Museum genutzt. Heute ist die Residenz mit über 40 wiederhergestellten Räumen ein ganzjährig geöffnetes Museum. Teile der Julius-Maximilians-Universität, das Martin von Wagner Museum, die Staatsgalerie und das Staatsarchiv nutzen Teile des Schlosses.
Das Schloss ist ein Hauptwerk des süddeutschen Barock und in Europa eine der bedeutenden Schlossbauten des Spätbarock.
Durch die UNESCO wurde im Jahr 1981 die Würzburger Residenz, deren Nebengebäude und der Residenzplatz zum UNESCO Weltkulturerbe erklärt.
Sie begründet die Aufnahme ins Welterbe damit, dass die Würzburger Residenz
- „das einheitlichste und außergewöhnlichste aller Barockschlösser“ sei.
- „einzigartig durch ihre Originalität, ihr ehrgeiziges Bauprogramm und die internationale Zusammensetzung des Baubüros“
- eine „Synthese des europäischen Barock“
- Sie veranschauliche zudem „einen der strahlendsten Fürstenhöfe Europas“.
- Das Spiegelkabinett, das Paradezimmer des Kaisers, wird als das „vollkommenste Raumkunstwerk des Rokoko“ bezeichnet.
Vor der Residenz wurde auf dem Residenzplatz der Frankoniabrunnen im Jahr 1894 aufgestellt. Der Brunnen im Stil des Neobarock war ein Geschenk an den Prinzregenten Luitpold von Bayern. Die Hauptfiguren unter der „Frankonia“ stellen Tilman Riemenschneider, Walther von der Vogelweide und Matthias Grünewald dar.
Zum UNESCO-Komplex gehört noch der Hofegarten.
