Das Quellgebiet beim Ort Schlada gehörte zur Stadt Eger und wurde deshalb Egerwasser oder Egerer Sauerbrunn genannt. Seit Anfang des 17. Jh.'ts erfolgte ein Versand von Egerwasser in Tonflaschen. Es war das erste Versandheilwasser Böhmens. Um 1705 baute man an der Heilquelle, die seit 1793 Franzensquelle heißt, ein Gasthaus mit Zimmern für Eisenmineralwasserbäder.
Im Jahr 1791 ließ der aus Eger stammende Brunnenarzt Bernhard Adler zum Schutz der Quelle einen hölzernen Pavillon errichten und das Wasser in ein separates Becken leiten. In Angst um den Verlust ihrer Einnahmen rissen die Egerer Wasserfrauen den Pavillon nieder, bekannt als „Egerer Weibersturm“.
Das erste Kurhotel im Bäderdreieck wurde als Hotel "Drei Lilien" 1793 in Franzensbad eröffnet. Es fand als Ort für Heilungssuchende im 19. Jh. europaweite Beachtung bei Kurgästen des Hochadels. 1827 baute Christoph Loimann, später 1852 erster Bürgermeister der Stadt Eger, das erste allgemein zugängliche Badegebäude für die ärmere Bevölkerung mit 30 Badezimmern. Franzensbad erhielt 1865 die Stadtrechte.
Mit der Weltwirtschaftskrise ging der Bäderbetrieb stark zurück. Am Ende des Zweiten Weltkrieges 1945 kam der Kurbetrieb fast am Erliegen, zahlungskräftige Kurgäste blieben aus. Aufgrund der Beneš-Dekrete wurden die deutschböhmischen Haus- und Grundstückseigentümer enteignet und die Kureinrichtungen verstaatlicht.
Nach 1989 begann eine Reprivatisierung des verstaatlichten Eigentums, die zur Gründung der Bad Franzensbad AG führte. Der Kurort wirbt seither mit Nachdruck um ausländische Kurgäste und Touristen.
