Die Gründung von Kolin erfolgte durch König Ottokar II. im Jahre 1261. Unter Karl IV. und Wenzel IV. erhielt die Stadt zahlreiche Privilegien und entwickelte sich zu einer bedeutsamen Stadt in Böhmen. 1437 entstand die Burg. 1458 erfolgte der Verkauf der Herrschaft Kolín an den König Georg von Podiebrad.
1475 übernahm der Ungarnkönig Matthias Corvinus den Besitz von den Podiebrad-Erben. Dieser machte Kolin zu einem seiner böhmischen Stützpunkt. Die Habsburger verpfändeten die Stadt mehrmals.
Am 18. Juni 1757 ereignete sich westlich der Stadt die Schlacht von Kolin in welcher der österreichische Feldmarschall Daun Friedrich II. von Preußen empfindlich schlug.
Der Textilfabrikant Jacob Veith brachte die Webtechnik Baumwolle, Piqué, in die Stadt und die Textilindustrie wurde ein wichtiger Wirtschaftszweig.
1870 entstand eine Zuckerfabrik und 1894 errichtete man die 10,6 km lange Koliner Schmalspur-Rübenbahn. Zuckerrübenanbau und Verarbeitung beherrschten die Wirtschaft in der Region. 1966 erfolgte die Stilllegung der Rübenbahn und der teilweise Abbau der Strecke.