Nachdem der Kaiser Heinrich II. das Bistum Bamberg errichtet hatte, gründete dessen erster Bischof im Jahre 1015 das Benediktinerkloster St. Michael. Es zogen Mönche aus Amorbach und Fulda ein.
Eine erste Blüte erlebte das Kloster unter dem Heiligen Bischof Otto im 12. Jh. Das Kloster besaß Grundbesitz in 441 Orten des Bistums. Als es zu einem Konflikt mit der Stadt Bamberg kam,plünderten die Bürger 1435 das Kloster.
Eine zweite Blütezeit erlebte das Kloster in der Zeit des Barock im 17. und 18. Jh. Bei der Auflösung des Bistums und der Klöster besaß die Abtei Besitz in 141 Orten im Gebiet um Bamberg. Die wertvolle Bibliothek kam in die Kurfürstliche Bibliothek Bamberg, der heutigen Staatsbibliothek Bamberg in der Neuen Residenz. Die Gebäude gingen in den Besitz der Stadt über, die das Spital einrichtete.