Als Gründer werden die fränkischen Edelfreien Brüder Richwin und Berno angegeben. Der erste Konvent bestand aus zwölf Mönchen und dem Abt. Dieser Abt Adam war ein Vertrauter des Heiligen Bernhard von Clairvaux sowie von Kaiser Friedrich I. und desvom Papst. Die Klosterkirche wurde schon 1134 geweiht. Durch reiche Schenkungen der Staufer erlangte das Kloster große Bedeutung. Einige der Staufer setzte man in der Klosterkirche bei. Von Ebrach aus wurden sechs Tochterklöster gegründet.
Der Bau der zweiten (jetzigen) Klosterkirche begann 1200, diese wurde 1285 fertiggestellt und geweiht. Schenkungen des fränkischen Adels, wie der Burggrafen von Nürnberg und der Grafen von Castell brachten dem Kloster Wohlstand. Zeitweise über hundert Mönche lebten im Kloster, 37 davon wurden Äbte und zwei Bischöfe.
Am Anfang des 14. Jh. besaßen sie in Nürnberg den Ebracher Hof. Weitere Höfe gehörten den Mönchen in Schweinfurt, Rödelsee, Bamberg und Mainstockheim.