Der Besitz vom Klosters übernahm 1803 der Deutschen Orden und mit der Säkularisation 1805 übernahm es das Königreich Bayern. 1835 gab der König Ludwig I. dem Kloster die Bestandsgarantie. Es wurde Hospiz für Mönche und Laienbrüder. 1913 wurde es wieder ein Konvent eingerichtet.
Das Eigentum an der Anlage ging 1979 an das Bistum Augsburg und es erfolgten Renovierungsarbeiten. Seit 2010 gehört das Kloster in Füssen zur Deutschen Franziskanerprovinz.
Im Osten und Süden wird die Klosteranlage durch die Stadtmauer (Bau um 1502/1503) mit mehreren Wehrtürmen begrenzt.