1687 wurden die Klostergebäude den Grafen zu Stolberg-Wernigerode übereignet, die hier zur selben Zeit ein evangelisches Damenstift errichteten. Die evangelische Kirchenprovinz Sachsen übernahm auf Bitte der letzten Äbtissin Magdalena 1946 das Kloster Drübeck als Erholungsheim und Tagungsstätte. Die letzte Kanonisse starb am 29. Januar 1976 im 88. Lebensjahr. In den 1950er Jahren versuchte man, den Originalbau teilweise wieder herauszuschälen, die Krypta wurde zur Hälfte freigelegt.
Seit 1996 gibt es eine Tagungsstätte der Evangelischen Kirche in Mitteldeutschland mit einem Pädagogisch-Theologischen Institut, einem Haus der Stille, einem Pastoralkolleg und einem Medienzentrum.
Die Bauten des Klosters sind Bestandteil der Straße der Romanik, einer Ferienstraße in Sachsen-Anhalt.