Die erste schriftlich nachgewiesene Kirche war eine vorromanische Basilika. Sie soll von Bolesław I Chrobry gestiftet worden sein, aber während des tschechischen Einfalls von 1038–1039 war sie abgebrannt.
Der zweite Dom entstand als frühromanische Basilika in der Mitte vom 11. Jh. Nur wenige Teile wurden beim Bau des dritten Domes wiederverwendet, welcher ab 1158 entstand.
1180 erfolgte die Fertigstellung einer dreischiffige Basilika mit Querschiff und zwei Westtürmen. Die Abmessungen wuchsen im Vergleich zu den Vorgängerbauten. Sie war 48,5 m Lang und 24,5 m breit, die Mauern waren aus weißem Kalkstein mit buntem Sandstein verblendet. Der Dom überstand den Mongoleneinfall.
In den Jahren 1244–1272 ersetzte man Teile des Doms durch einen Umbau mit dem vierten Kirchenbau im gotischen Stil. Mit der Einweihung des Chors um 1354-1368 war dieser gotische Umbau fertig.
Erweiterungen erfolgten im 15. Jh. Im Sommer 1540 zerstörte ein Großbrand das Dach, die Turmspitze und die Kirchenglocken. Beim Wiederaufbau wurden Elemente der Gotik und der Renaissance verwendet.
Der Neubau der Sakramentskapelle der Elisabethkapelle und der Fronleichnamskapelle erfolgte schon zwischen 1672 und 171749 im Barockstil.
Im Sommer 1759 vernichtete ein Großbrand wiederum einen großen Teil vom Dom. Die Wiederherstellung und Restaurierungsarbeiten dauerten insgesamt 150 Jahre. Erst 1912 und 1926 erhielten die Kirchtürme ihre Neogotischen Helmdächer.
1907 erhob der Papst die Kirche zur Basilika minor. Als 1930 Breslau ein Erzbistum wurde, erhielt die Kathedrale den Namen St. Johannes der Täufer.
Bei einem sowjetischen Bombenangriff am 2. April 1945 gab es schwere Schäden am Dom.
Der vorläufige Wiederaufbau wurde im Jahre 1951 abgeschlossen. Ab 1960 erfolgten weitere Arbeiten. Der Wiederaufbau konnte erst im Jahre 1992 im Wesentlichen abgeschlossen werden.
