1945 erfolgte die Aufteilung des Klostergutes durch die Bodenreform. Das 1952 gegründete Collegium musicum übernahm das ehemalige Kloster für sich und schuf so eine Wirkungsstätte für sich. 1968 gab es im wieder hergerichteten Refektorium das erste Konzert. Seit 1988 können im Klausurgebäude Musikinstrumenten in einer Ausstellung besichtigt werden.
1997 gründeten die Stadt, der Landkreis und das Land Sachsen-Anhalt die Stiftung Kloster Michaelstein. 2002 wurde das Kloster auch Sitz der Landesmusikakademie Sachsen-Anhalt. Seit dem 1. Januar 2005 verwaltet die Kulturstiftung Sachsen-Anhalt Michaelstein.
Aus der ehemaligen Scheune auf dem Wirtschaftshof entstand 2005 ein Konzert- und Probensaal.