Mit den Harzer Schmalspurbahnen (HSB) sind auf drei Strecken neben Wernigerode und Quedlinburg auch kleinere Orte des Harzkreises täglich erreichbar. Das ca. 140 km lange Netz der HSB mit Harzquerbahn, der Brockenbahn und der Selketalbahn ist das größte dampfbetriebene Streckennetz Europas.
Die Selketalbahn war ursprünglich die Gernroder-Harzgeroder Eisenbahn. Dazu gehören die Strecke Quedlinburg-Gernrode (seit 2006), über Alexisbad nach Hasselfelde, die Strecke Alexisbad–Harzgerode und die Verbindungsstrecke Stiege-Eisfelder Talmühle. Der Name stammt vom Tal der Selke, der die Bahnstecke von Mägdesprung bis Albrechthaus folgt.
1887 war die Selketalbahn die erste Schmalspurbahn im Harz. Mit dem Streckenbau Stiege - Eisfelder Talmühle gab es ab 1905 eine Verbindung zur Harzquerbahn. Im Frühjahr 1946 wurde die Selketalbahn teilweise als Reparationsleistung demontiert, danach aber teilweise wieder aufgebaut. 1949 übernahm die Deutsche Reichsbahn die Bahnstrecke.
Seit 1984 besteht ein planmäßiger Reiseverkehr zwischen Hasselfelde und Gernrode.
Die Brockenbahn ist eine hauptsächlich touristisch genutzte Eisenbahnstrecke der Harzer Schmalspurbahnen GmbH. Sie fährt vom Bahnhof Drei Annen Hohne (542 m) neben der Harzquerbahn nach Südwesten und bei Schierke geht es in den Nationalpark Harz. Hier erreicht sie die Höhe von 688 m. Der Bahnhof Schierke liegt ca. 80 m über dem Ort. Danach führt die Strecke nordwestwärts in einer Hanglage durch das Tal der Kalten Bode und westlich ist der Wurmberg (971 m) zu sehen.
Die Brockenbahn fährt auf einem Höhenrücken direkt auf den Brocken zu, umrundet ihn eineinhalbmal und endet dann schließlich nach 18,9 Kilometern am Bahnhof Brocken (1125 m).
Im Winter fahren am Tag maximal sechs Zugpaare der Brockenbahn hinauf. Im Sommer ist der Verkehr auf täglich elf Zugpaare verdichtet. Auf dem Streckenabschnitt Schierke–Brocken gilt von Anfang an ein höherer Sondertarif. Bei der HSB gibt es für Fahrten zum Brocken ein identischer Preis, unabhängig vom Ausgangspunkt, um die PKW – Nutzer vom Nationalpark Harz fernzuhalten.
Die Harzquerbahn ist eine Schmalspurbahn (Meterspur) und verbindet Nordhausen und Wernigerode. Das Südende ist der Kopfbahnhof Nordhausen Nord. Er liegt neben dem Bahnhof Nordhausen der Deutschen Bahn. Bis Ilfeld verkehren auch die Hybridzüge der Nordhäuser Straßenbahn. Westlich des Straßenbahnanschlusses führt die Bahnlinie nach Norden bis Niedersachswerfen. Beim Ort Ilfeld (km 10,7) beginnt der Harz.
Nach dem HB Netzkater (km 14,0) folgt der Bahnhof Eisfelder Talmühle (km 17,3)und dahinter fädelt die Selketalbahn in Richtung Stiege in einem Rechtsbogen aus. Am Bahnhof Benneckenstein (km 29,8) erreicht die Bahn die Höhe von 530 m, danach geht es ins Tal der Warmen Bode. Anschließend erklimmt die Strecke mit 557 m ihren Scheitelpunkt. Nach dem Bahnhof Elend (km 41,6) ist die Einmündung der Brockenbahn beim Bahnhof Drei Annen Hohne (km 46,4).
Hinter Drei Annen Hohne geht es steil bergab, der einzige Tunnel ist unter dem Thumkuhlenkopf. Hinter dem Tunnelausgang wird bald das Schloss Wernigerode sichtbar und erreicht den Bahnhof Wernigerode-Hasserode (km 56,3). Endstation ist der Bahnhof Wernigerode (km 60,5). Hier ist wieder ein Anschluss an die DB-Strecke.
