1295 wurde die Stadt und die Creuzburg wieder, diesmal vom König Adolf von Nassau, angegriffen. Unter der Herrschaft der Wettiner war die Creuzburg der Sitz des Verwaltungsamtes. Als Lehre aus der Belagerung entstand das Brunnenhaus und der Kornspeicher. Ab dem 15. Jh. diente die Burg nur noch als Gerichts- und Verwaltungsort.
Im 18. Jh. ließ der Herzog von Sachsen-Eisenach die Burg zum Schloss umbauen. Der Minister Goethe besuchte mehrmals die Burg. Das Amt wurde 1879 aufgelöst und 1899 kaufte der Herr von Dreyse die Burg und zugehörige Besitzungen. 22 Jahre später ging die Anlage in den Besitz des Hoteliers Kossenhaschen über und er renovierte die Burg. In der Zeit vom 2. Weltkrieg wohnten hier Flüchtlinge. Die Besitzer wurden 1945 enteignet.
Die Burg wurde Kaserne der Besatzungstruppen und später der Grenztruppen. Später erfolgte die Nutzung durch die Stadtverwaltung. Eine Schule und ein Ferienlager zogen ein.
Im Jahr 1981 begann ein Verein mit der schrittweisen Sanierung. Der Umbau zum Hotelbetrieb wurde 1997 abgeschlossen. Heute befindet sich die Burg im Besitz der Stadt Creuzburg.
Heute sind in der restaurierten Burg
- das Creuzburger Heimatmuseum
- ein Hotel mit Gaststätte
- das Trauzimmer des Creuzburger Standesamtes
- eine Töpferei
