Bei der Untersuchung vom Burgberg fand man Spuren einer frühen Besiedlung schon in der Eisenzeit. Erste Nachweise belegen, dass die Verwalter der Wartburg im Dienste der Landgrafen auch die Brandenburg besaßen. Graf Wigger von Wartberg wird erstmals im Jahre 1137 als Lehnsmann des Landgrafen der Vogt der Wartburg. Graf Ludwig von Wartberg nannte sich 1224 auch von Brandenburg.
1279/80 veräußerte Albert II. von der Brandenburg die Herrschaft und Burg den Landgrafen Albrecht den Entarteten von Wettin. Zur Herrschaft gehörten die Orte Lauchröden, Unterellen und Sallmannshausen. Sie waren dem wettinischen Amt Wartburg unterstellt. Seit Beginn des 14. Jh. gab es auf dem Burgberg zwei eigenständige Anlagen. Sie hatten verschiedene Besitzer.
Die Ostburg – auch Oberburg
Gegen Ende des 13. Jh. zerstört, wurde sie zu Beginn des 14. Jh. wieder aufgebaut. 1322 erhielten die Herren von Heringen die Anlage als Lehen. Ab 1359 wechselten häufig häufig die Besitzer, so die Herren von Witzleben, von Kolmasch und von Herda. 1895 kam die Herrschaft an das Land.
Die Westburg – auch Niederburg
Die Westburg wurde Anfang des 14. Jh. errichtet. Sie war als Pfand im Besitz der Stadt Erfurt. 1322 erhielten die Herren von Heringen die Burg als Lehen aber verpfändeten sie wieder an Erfurt. Von 1390 an war sie im Besitz der Marschälle von Thamsbrück, der von Nesselröden und später von Boineburg-Honstein. 1405 kam die Westburg an Helwig von Ruckus und in der Familienfolge an die Herren von Reckroth bis 1703.
Nach dem Dreißigjährigen Krieg verlor sie ihre Bedeutung. Von da an verfiel sie und wurde als Steinbruch genutzt. 1841 stoppte der Großherzog den Abriss. Bereits um 1870 war die Brandenburg ein beliebtes Ausflugsziel. Ab 1906/07 erfolgten umfangreiche bautechnische Sicherungsarbeiten. Nach dem Bau der Mauer 1961 zäunte man den Burgberg ein. In der Grenznähe war ein Betreten verboten.
Nach der Wende 1989 wurde die Zugänglichkeit und die Sicherung der Anlage durch einen örtlichen Verein begonnen. Neben dem Denkmalschutz sind die geschützten Biotope um die Burg zu beachten. Seit 1994 ist die Brandenburg im Besitz der Stiftung Thüringer Schlösser und Gärten.
Der Brandenburg-Verein führt im Auftrag der Stiftung die Schlossverwaltung und die weitere Erschließung der Burg für Besucher durch, wozu auch die Einrichtung des Burgmuseums in der Kemenate gehört. Ein Besucherparkplatz und ein Netz von Wanderwegen zur Burg entstanden.
