Über die letzte Brunonin Gertrud ging der Besitz von Braunschweig durch Richenza von Northeim an den Kaiser Lothar von Supplinburg über. Dessen Enkel Heinrich der Löwe erbaute die Burg Dankwarderode in der Form und Größe, wie sie heute erscheint.
Dankwarderode und die Altstadt wurden 1252 durch einen Brand zerstört. Wieder errichtet war die Burg bis 1282 herzogliche Residenz, bevor der Sitz vom Fürstentum nach Wolfenbüttel verlegt wurde.
Nach der Teilung des Herzogstums blieb sie im Gemeinschaftsbesitz aller Linien der Welfen. Als Wehrbau verlor sie durch die Umschließung durch die Stadt an Bedeutung. Im 16.Jh. brannte der Palas ab. Die Mauern trug man um 1580 ab. Von 1616 bis 1640 wurde der Palas durch einen Bau im Renaissancestil ersetzt.