Im Streit mit dem Bamberger Bischof mussten die Egloffsteiner die Burg öffnen. Im ersten Markgrafenkrieg 1449/1450 belagerte der Markgraf die Burg und beschädigte sie. 1504 eroberten die Nürnberger die Burg Egloffstein und brannten sie nieder. Aus Geldnot wurde 1509 die Burg Lehen des Bamberger Hochstiftes. Der nächste Schadenfall trat mit dem Bauernkrieg 1525 ein.
Danach nahm sie Schaden in einer Auseinandersetzung mit dem Bischof und danach im Dreißigjährigen Krieg. Glücklich überstand sie die Besetzung im Spanischen Erbfolgekrieg.
1750 ließen die Brüder Albrecht Christoph Karl und Ludwig I. von Egloffstein die jetzige Pfarrkirche St. Bartholomäus errichten. Die Burg befindet sich noch heute im Besitz der Freiherren von Egloffstein.