Aus dem Böhmerwald austretend, erreicht die Moldau die Stadt České Budějovice (Budweis). Hier weitet sich das Tal, um sich dann von Neuem zu verengen mit steilen waldreichen Ufern.
Der mächtig angewachsene Fluss durchfließt nun die Prager Innenstadt. Bei Mělník schließlich mündet er in die von rechts kommende, kleinere und bis dahin kürzere Elbe.
Diese erweckt den Eindruck, Hauptfluss zu sein, als sie schon oberhalb der Mündung ein breiteres Tal hat und die Fließrichtung beibehält, während die Moldau an der Mündung eine deutliche Linkskurve macht.
Die Wasserkraftwerke erbringen eine Leistung von 700 MW. Ab der vorletzten Staustufe ca. 20 km oberhalb von Prag ist die Moldau schiffbar.
Unterhalb von Týn nad Vltavou mündet von rechts die Lainsitz ein. Bald darauf tritt die Moldau in den 68 Kilometer langen Staubereich der Orlik Talsperre ein.
Hier mündet von links die Otava. Nach dem Orlik Stausee folgen der Slapy Stausee und das Wasserkraftwerk Štěchovice. Nach der Kraftwerkskaskade fließt von rechts die Sázava und im Prager Stadtgebiet von links die Berounka, der größte Nebenfluss, in die Moldau