Als Meister kehrte Gottfried 1710 wieder nach Sachsen zurück. Für seine Heimatstadt Frauenstein erbaute er ein Jahr später seine erste Orgel in Deutschland. In Freiberg errichtete er anschließend seine erste Orgelbauwerkstatt. Nach fast vierjähriger Bauzeit stellte er 1714 als sein zweites deutsches Werk die große Orgel im Freiberger Dom St. Marien fertig.
Silbermann blieb ledig und wohnte bis zu seinem Lebensende in Freiberg / Erzgebirge. Für diese Stadt schuf er insgesamt fünf Orgeln, von denen noch vier erhalten sind.
1749 erkrankte Silbermann schwer. Er übertrug daher den Neubau der Orgel für die Dresdner Katholische Hofkirche seinem ehemaligen Schüler Zacharias Hildebrandt. Infolge der Erkrankung verstarb Silbermann 1753. In seinem Testament setzte er, der nie verheiratet und kinderlos war, seinen Neffen Johann Daniel Silbermann (1717–1766) als Universalerben ein.
