Der Erzbischof von Magdeburg ließ um 1100 auf dem Lauterberg eine kleine runde romanische Kapelle errichten. Graf Dedo IV. von Wettin, Markgraf der Niederlausitz, stiftete ein Augustiner-Chorherrenstift. Der Grund war die Nähe zur Stammburg und die Schaffung einer Begräbnisstätte für die Dynastie.
Da der Graf schon 1124 auf der Pilgerreise verstarb, vollendete sein Bruder Konrad die Klosterpläne. 1142 begann der Bau der Stiftskirche St. Petru.
Die romanische Basilika ist kreuzförmig und dreischiffig. Sie wurde erst nach dem Tode des Markgrafen 1184 fertiggestellt.
Mit Zustimmung Kaiser Friedrich I. regelte Konrad seine Amtsnachfolge und teilte seine Reichslehen bzw. Allodialgrafschaften unter seinen fünf Söhnen auf. Im November 1156 legte er im Meißner Dom die Zeichen seiner weltlichen Herrschaftsgewalt nieder und begab sich in das Kloster auf dem Lauterberg. Drei Monate später, am 5. Februar 1157, starb er.
Von 1145 bis 1217 wurden zehn Mitglieder der wettinischen Familie aus vier Generationen unter dem Fußboden des Kirchenmittelschiffes beigesetzt. Obwohl Konrad der Große die Stiftskirche zur Erbgrablege bestimmt hatte, war er der erste und einzige Markgraf von Meißen, der hier begraben wurde.
Mit der Reformation wurde der Besitz vom Kloster säkularisiert. 1697 kam das Amt Petersberg durch Verkauf an Brandenburg-Preußen. Erst Anfang vom 19. Jh. setzten sich Goethe und Schinkel für die Sicherung der Ruine ein.
Von 1853 bis 1857 erfolgte eine fast originalgetreue Rekonstruktion (nach dem Baustand von 1565) der Stiftskirche St. Petrus. 1965-1966 wurde das Dach erneuert.
Neben der Ausmalung und Herausnahme der Ausstattung von 1857 erfolgte die Rückführung des Chorfußbodens auf den mittelalterlichen Horizont und die Verlegung neuer Ziegelplatten in der gesamten Klosterkirche.
